Základný princíp syntézy DNA

Chemická syntéza DNA je založená na stratégii syntézy na pevnej fáze a fosforamiditovej chémii.Na rozdiel od biologickej syntézy DNA je materiálom pri chemickej syntéze DNA DMT (4,4-dimetoxytrityl) a fosforamiditom modifikovaný deoxyriboxyzid, ako je znázornené na obrázku 1. Syntéza DNA sa vykonáva na pevnom nosiči (môžeme ponúknuť rôzneOligo Synthesis Column), teda CPG (sklo s kontrolovanými pórmi) a PS (polystyrén), pričom celá syntéza prebieha nasyntetizátor DNA/RNA, čo je naše hlavné vybavenie, má iný model, ako napríklad: HY jednokanálový syntetizátor, HY-12, HY-192 atď., Smer syntézy je od 3' do 5' a nukleotid sa zavádza na pevný nosič cez jeden cyklus syntézy.Typický cyklus syntézy obsahuje štyri kroky, deprotekciu, kopuláciu, uzavretie a oxidáciu (obrázok 2).Deprotekcia sa nastaví na odstránenie DMT skupiny na pevnom nosiči alebo 5' hydroxylovej skupiny na predchádzajúcom nukleozide, ako deprotekčné činidlo sa použije 3 % kyselina trichlóroctová v dichlórmetáne.Potom sa fosforamiditom modifikovaný deoxyriboxyzid nechal vystaviť hydroxylovej skupine pomocou aktivátora, tj 5-etyltiotetrazolu alebo 4,5-dikyanoimidazolu, čím sa vytvoril fosfitetriester (III), a uskutočnil sa krok kopulácie.Uskutočňuje sa zakrývací krok na blokovanie nezreagovanej hydroxylovej skupiny počas kopulačného kroku, aby sa minimalizovala tvorba nežiaducich defektných sekvencií.Nakoniec sa nestabilný fosfitetriester (III) oxiduje na chemicky stabilný fosfortriester (V) s jódom ako oxidačným činidlom v prítomnosti pyridínu.

Syntetizovaná DNA môže byť odštiepená z pevného nosiča aminolýzou, súčasne sa odštiepi 2-kyanoetylová chránená skupina na fosfortriesteri a amid na nukleobáze, Syntézne platne a Syntézne kolóny v stojanoch sú umiestnené priamo v reakčnej komore zZariadenie na odstránenie ochrany.Surová DNA môže byť pripravená pomocou HPLC, elektroforézy a OPC na požiadanie, môžeme vám tiež poskytnúťZariadenie na čisteniepre následné spracovanie.